2016年4月12日16：30（UTC+8），第三轮抽签仪式于马来西亚吉隆坡的亚足联总部举行。

种子排序依以2016年4月的国际足联世界排名作为依据。以下的排序按照2016年4月的世界排名，而抽签结果刚好省掉因为沙特阿拉伯及伊朗关系恶化所带来的问题。（同一年的亚冠联赛，沙特阿拉伯及伊朗俱乐部之间的赛事于中立场地举行。）

第 1 档次

第 2 档次

第 3 档次

第 4 档次

第 5 档次

第 6 档次

伊朗 (42)

澳大利亚 (50)

韩国 (56)

日本 (57)

沙特阿拉伯 (60)

乌兹别克斯坦 (66)

阿联酋 (68)

中国 (81)

卡塔尔 (83)

伊拉克 (105)

叙利亚 (110)

泰国 (119)